Cytoscape

Cytoscape简介

Cytoscape是一款生物分析软件，可以帮助你在分析生物数据时提供图形化的方法。软件提供六个图形数据作为案例。当你打开软件时，你可以看到模型图。单击图形显示内置数据，支持编辑案例中的新数据列表，并按网格分析数据。这次我们提供的是Cytoscape的3.6.1版本(生物分析软件)。此版本的Cytoscape基于新的3.x架构、开发人员API和已建立的用户控制集。如果你熟悉以前版本的Cytoscape软件，那么使用新版本将允许你获得更多的扩展方案，并在熟悉的界面上继续编辑。

Cytoscape软件特征

支持多种标准

Cytoscape支持多种标准网络和标注文件格式，包括SIF(简单交互格式)、L、XML、Biopax、PSI-MI、GraphML、KL (KeggXML)、SBML、Obo和Gene Association。简单交互格式、L、XML、Biopax、PSI-MI、Graphml、KL (Keggxml)、SBML、Obo和基因协会。有限的文本文件和MS Excel？工作簿，可以导入其他应用程序或电子表格程序生成的数据文件，如表达式谱或GO笔记。使用此功能，您可以加载和保存节点、边和网络上的任何亏格。例如，为蛋白质输入一组自定义注释术语，并为蛋白质-蛋白质相互作用创建一组置信度值。

公共数据库客户端

Cytoscape作为网络服务客户端工作，这意味着Cytoscape可以直接连接外部公共数据库，导入网络和标注数据。这意味着Cytoscape可以直接连接到外部公共数据库并导入网络和注释数据。目前，我们支持Pathway Commons、untain、BioMart和entrez Gene。我们还将继续为流行数据库开发新的服务客户端。

相互合作

因为Cytoscape支持导入/导出标准文件格式，所以您可以轻松地将Cytoscape放入您的工作流中。例如，如果您有一个由igraph或Bioconductor生成的网络数据，Cytoscape可以以文本表的形式加载该文件，并以PSI-MI格式导出，用于其他生物工具或您自己的应用程序/脚本。

从3.3版本开始，Cytoscape支持对RESTful API的编程访问。您可以使用自己选择的编程语言来访问Cytoscape的核心功能，例如创建网络、应用布局或导出图像。

会话文件

您可以一键保存您的工作。的所有设置、数据文件和可视化效果都打包在会话文件中。它被称为Cytoscape会话。cys)文件。Cytoscape会话文件包括网络、属(节点/边/网络)、桌面状态(选择/隐藏节点和边、窗口大小)、属、一些插件状态和可视化样式。

总体布局

在二维空间中布局网络。有很多布局算法可供选择，包括循环、树形、面向力、边缘加权和yFiles有机布局。您还可以使用类似于其他图形应用程序用户界面的手动布局工具。

图像导出

您可以将网络导出为可以发布的高质量图像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG、bmp文件。矢量图像(PDF和PS)可以通过其他应用程序(如Adobe Illustrator)进行修改，以进一步增强。

VizMapper

使用强大的可视化样式自定义网络数据的显示。查看网上基因表达比例和p值的叠加。根据用户配置的颜色和可视化方案，表达式数据可以映射到节点颜色、标签、边框厚度或边框颜色。

ɸѡ

基于当前数据过滤网络以选择节点和/或交互的子集。例如，根据基因表达数据的加载P值，用户可以选择参与交互的节点、共享特定GO评论的节点或基因表达水平在一个或多个条件下发生显著变化的节点的阈值数量。您可以根据过滤结果创建新网络。

恢复

从搜索窗口中搜索目标节点和边缘。Lucene语法支持任何复杂的查询。

浏览

放大/缩小和平移以浏览网络。网络管理器使组织多个网络变得容易。这个结构可以保存在会话文件中。通过鸟瞰图轻松浏览大型网络。使用高效的渲染引擎轻松浏览大型网络(100，000多个节点和边缘)。

查找模块/集群

寻找活动的子网/路径模块。根据基因表达数据，对网络进行筛选，找出其基因表现出特别高水平差异表达的交互连接集，即交互子网络。每个子网络中包含的相互作用为控制观察到的表达变化的调节和信号转导的相互作用提供了假设。在加载到Cytoscape的任何网络中查找集群(高度互联的区域)。根据网络的类型，集群的含义可能不同。例如，蛋白质相互作用网络中的簇已被证明是蛋白质复合物和途径的一部分。蛋白质相似网络中的簇代表蛋白质家族。

经理和应用商店

网络和分子轮廓分析应用。Cytoscape是用Java编写的软件。您可以通过编写Java代码来编写自己的应用程序，用于数据分析、导入和可视化。更多应用可在Cytoscape应用商店中找到。您可以一键或直接从应用商店安装App Mar中的大多数应用(这是Cytoscape 3的功能)。

Cytoscape软件功能

1.支持多种分析方法，并选择分析网络。

2.支持节点子集分析、批量分析和加载网络统计。

3.从统计数据中绘制参数和生成样式

4.使用可扩展对话框界面显示网络统计信息。

5.将节点参数存储在节点表中，将边参数存储在边表中。

6.亮色映射标准参数、深色映射标准参数和中间色映射标准参数。

7.网络分析器，Cytoscape网络浏览器

8.合并进程、作业状态监视器、命令行对话框和执行命令文件

9.选定节点、带有选项的选定节点、命令行参数

10、Cytoscape用于快速浏览、网络创建和嵌套网络。

11.支持的网络文件格式、节点和边栏数据

12.样式、应用程序管理器、命令工具、渲染引擎、导出数据

13，Cytoscape和OpenCL，Cytoscape。js和Cytoscape自动化

Cytoscape软件特色

Cytoscape使用可扩展的用户界面来导航和查看网络。ZUIs使用两种导航机制:缩放和平移。缩放以根据用户希望看到的内容增加或减少视图的放大倍数。

和边缘列数据。

互动网络是一个有用的模型。然而，当与其他结合时，它们对于回答科学问题是最有效的。Cytoscape允许用户将任何节点、边缘和网络作为节点/边缘/网络数据列添加到Cytoscape

Cytoscape函数不是固定的。它们可以通过应用程序进行扩展。它们可以以各种方式扩展Cytoscape。应用程序可以从在线数据库导入数据。另一个应用程序可以提供一种分析网络的新方法。您可以在安装Cytoscape后安装该应用程序。大多数应用程序都是由像您这样的Cytoscape用户开发的。

如果你熟悉Cytoscape2。您可能知道fine Cytoscape应用程序被称为插件。从Cytoscape3.0开始，我们称之为应用。